问：在自然人电子税务局扣缴客户端申报1月份个人所得税时，为什么有的员工减除费用可以扣除6万，有的员工却只能扣除5000？

答：根据《国家税务总局关于进一步简便优化部分纳税人个人所得税预扣预缴方法的公告》（国家税务总局公告2020年第19号）规定，对上一完整纳税年度内每月均在同一单位预扣预缴工资、薪金所得个人所得税且全年工资、薪金收入不超过6万元的居民个人，扣缴义务人在预扣预缴本年度工资、薪金所得个人所得税时，累计减除费用自1月份起直接按照全年6万元计算扣除。

因此，符合以上条件的纳税人，累计减除费用自1月份起直接按照全年6万元计算扣除。不符合以上条件或符合条件但选择适用原预扣预缴方法的纳税人，按照原预扣预缴方法计算并缴纳税款。